deNBI
deutsches Netzwerk für Bioinformatik-Infrastruktur
Das „Deutsche Netzwerk für Bioinformatik-Infrastruktur – de.NBI“ ist ein nationales akademisches Netzwerk, welches Serviceleistungen im Bereich Bioinformatik für die Lebenswissenschaften und Biomedizin in Deutschland und Europa anbietet. Die de.NBI-Partner organisieren Schulungsveranstaltungen, Kurse und Sommerschulen zu Software-Tools sowie Standards und bieten Rechenkapazität in Form einer Cloud an, um Forscher dabei zu unterstützen, ihre Daten effektiver zu nutzen.
Ziel ist es, in Deutschland eine Infrastruktur aufzubauen, die mithilfe von Bioinformatikservices und -schulungen Lösungen für das "Big Data-Problem" in den Lebenswissenschaften bietet. Seit November 2016 besteht das de.NBI-Netzwerk aus acht Zentren, zu denen fast 40 Forschungs-, Dienstleistungs- und Infrastrukturgruppen mit etwa 250 Bioinformatikerinnen und Bioinformatikern gehören.
Service
Das de.NBI-Netzwerk bietet ein breites Portfolio an Ressourcen für die deutsche und internationale Gemeinschaft der Lebenswissenschaften. Dazu gehören hauptsächlich Datenbanken, bioinformatische Software und Bereitstellung von Rechenkapazität, durch ein Verbund-Cloud-System.
Training
Verschiedene Arten von Schulungsaktivitäten werden von de.NBI unterstützt und organisiert. Die de.NBI Sommerschulen bieten Schulungen für Studierende sowie Doktorandinnen und Doktoranden zu spezifischen Themen an, die sich auf ein oder mehrere de.NBI-Zentren beziehen. Die jeweiligen Zentren organisieren spezifische Schulungen für die angebotene bioinformatische Software. Diese Schulungen finden an bestehenden Konferenzen statt oder werden unabhängig von diesen organisiert. Darüber hinaus wurden im Jahr 2016 Online-Schulungen auf der Website von de.NBI eingeführt.
Cloud Computing
de.NBI entwickelt und betreibt seit 2016 ein Verbund-Cloud-System (de.NBI-Cloud). Die Cloud wird in einem Kollaborationsprojekt der Universitäten Bielefeld, Freiburg, Gießen, Heidelberg und Tübingen bereitgestellt. Das gesamte System ist über das zentrale de.NBI-Cloud-Portal über Single Sign-On (SSO) zugänglich und basiert auf der ELIXIR-Authentifizierungs- und Autorisierungsinfrastruktur (ELIXIR AAI).
Übersicht der adressierten Disziplinen
Die gemeinsame Infrastruktur berücksichtigt die Bioinformatik-Bedürfnisse einer Vielzahl von Bereichen in den Lebenswissenschaften:
- Genomik
- Metagenomik
- Transcriptomik
- Proteomik
- Metabolomik
- Modellierung
- Workflows & Pipelines
- Software-Bibliotheken
- Datenbanken
- Projektdatenmanagement
- Imaging
- Epigenetik
- Consulting