Kooperative Forschungsprojekte mit mehreren Partnern zeichnen sich immer häufiger durch einen sowohl transnationalen als auch interdisziplinären Charakter aus. Dies bringt zusätzliche Herausforderungen im Management von Forschungsdaten mit sich, denen durch eine koordinierte Planung des Datenmanagements und kooperative Arbeitsweise begegnet werden kann. Die Implementierung des Datenmanagements sollte daher gemeinsam geplant und vereinbarte Vorgehensweisen und Verantwortlichkeiten in einer Projekt-Policy sowie einem Datenmanagementplan festgehalten werden. 

Zu den Herausforderungen im Management von Forschungsdaten beim kollaborativen Arbeiten zählen beispielsweise die gemeinsame Organisation und Bearbeitung von Daten und Dokumenten unter möglicherweise unterschiedlichen methodischen oder disziplinären Anforderungen. Auch das Festlegen von Standards für Ordnerstrukturen, Dateibenennung, Metadaten und Dateiformate bis hin zu ganzen Arbeitsabläufen ist dabei von grundlegender Bedeutung. Die Bereitstellung von gemeinsam genutztem Speicher sowie der Zugang zu und Transfer von Forschungsdaten zwischen verschiedenen Forschungseinrichtungen unter Berücksichtigung von Datensicherheit und Datenschutz stellen weitere Herausforderungen dar. 

Für das gemeinsame, auch ortsunabhängige wissenschaftliche Arbeiten mit Daten gibt es ein breites Feld an speziellen Werkzeugen und Tools, die vor allem durch die Dokumentation der Forschungsprozesse und Datenbearbeitung eine nachhaltige und reproduzierbare Forschung im Sinne der Regeln der guten wissenschaftlichen Praxis ermöglichen.